一直以来，针对第三方支付牌照的申请工作，在外界看来一直存在两种可能的途径：一，协议控制；二，彻底重组变身全内资。而此前，第三方支付企业大部分均有外资背景，具体如何操作，一直没有一个实惠又稳妥的方案。各家都在观望和自谋出路。
就在今年一季度，央行特意发函，要求各申请牌照的支付企业声明没有外资直接控制或者协议控制：若有，申报；若没有，声明，并盖公章。有消息显示，在此过程中，央行给各家支付公司口头通知，凡是外资控股、参股或协议控制的电子支付企业一概不受理。
随后支付宝终止了此前一直以来的“协议控制”，同一时间段，银联商务也将软银赛富等三家外资股东股份转移给包括中信产业和雅戈尔在内的内资公司。其余各家第三方支付企业都在用自己的办法纷纷清除和外资的股份关系，并向央行提交了无外资直接或间接控制的声明，这成为获得牌照的重要依据。财付通亦在此列。
但是，据深圳财付通科技有限公司的《支付业务许可证》公告内容显示，深圳财付通科技有限公司的出资人为腾讯计算机系统科技有限公司及深圳市世纪凯旋科技有限公司。同时，根据腾讯控股有限公司2010年年报，腾讯控股将申请《支付业务许可证》的实体深圳财付通科技有限公司列为其附属公司，并在附注中表示，腾讯控股并无拥有该等附属公司权益的法定拥有权。然而，根据财付通的注册拥有人、腾讯控股公司及其他合法拥有的附属公司所订立的若干合约安排显示，“本公司(腾讯控股)透过控制该公司(包括深圳财付通——编者注)投票权、控制其财务及运营决策、任免其管治组织的大部分成员，以及于该管治组织会议上投大多数票，从而控制该等公司。因此，彼等被呈列作为本公司的综合附属公司。”
根据以上资料显示，深圳财付通科技有限公司通过协议及安排被境外实体腾讯控股有限公司所控制。但是，财付通方面否决了这一推论。
《中国企业家》记者电话财付通方面，财付通市场公关总监张抗表示：“财付通没有协议控制概念这一说，财付通一直是家全内资公司。”对此说法和年报的冲突之处，张抗解释说，“财报上是些旧的说法，我也没有见过关于协议控制的内容。”
财付通到底有没有协议控制，就目前公开资料显示，外界还无法确切认定。
对于外资直接或间接控制第三方支付是否会影响国家金融安全的问题，中央财经大学中国银行界研究中心主任郭田勇表示，出台此项规定说明央行对支付行业确实研究得很透彻，从安全性的角度考虑，确实需要更加谨慎。郭田勇分析称，支付这种机构相关来讲，比银行更为核心。因为它做银行间的支付。连接各家银行机构。特别是这里面掌握着银行的交易数据，银行的客户情况。掌握的数据量非常大。“所以对这个领域，我们认为，第三方支付机构对外资的开放，甚至须比银行金融机构还要更加谨慎。”
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